蘇州高新股份公司控股股東為蘇州蘇高新集團有限公司，最終控制方為蘇州市虎丘區人民政府。作為公司主要控股股東，蘇州蘇高新集團有限公司直接持股比例為 43.8%；蘇州蘇高新集團由蘇州市虎丘區人民政府控股，持股比例為 90.3%、江蘇省財政廳參股，持股比例為 9.7%。公司第二、第三大股東分別為東方國際創業股份有限公司和中央匯金資產管理有限責任公司，分別持股 3.0%和 1.3%。