CISC 和 RISC 指令集系統是目前主要的兩種 MCU 指令系統。CISC（復雜指令集）的指令格式和指令大小不固定，每條指令按照規范設計為最合適的格式和大小，每條指令執行的時間不一樣，以此來追求更強的處理能力。RISC（精簡指令集）的指令長度是固定的，并且采取流水線的概念，將處理過程劃分為多個階段，每個時鐘周期可以執行一條指令，執行部分并行處理。CISC 指令能力強，但 CPU 復雜度較高，RISC 指令較為固定，優化了編譯流程。