非糧生物質產業化的難點眾多，規?；諆?、高效糖化、菌株開發及分離純化有待突破。首先，秸稈等非糧原料集中收儲的機械化程度有顯著的提升空間。其次，非糧原料，特別是木質纖維素，原料較為復雜，主要成分包括纖維素、半纖維素和木質素，經過預處理與酶解產生的水解液中抑制物成分多、含量高，抑制工業菌株的生長和發酵生產，目前常用的工業菌株對抑制物耐受性較差，尤其是可高效利用木質纖維素水解液的菌株匱乏，導致五碳糖和六碳糖共利用難。目前主要的解決方法是對木質纖維素中的纖維素、半纖維素、木質素進行剝離，減少預處理過程中抑制物的濃度，或去除水解液中的抑制物，從而提高菌株對水解液糖的利用率。但當前的處理方法步驟繁瑣、效率低，且會增加額外成本。因此，篩選和構建能夠在抑制物存在下高效利用水解液混合糖（五碳糖與六碳糖）的高產穩產工業菌株是解決當前非糧大宗化工品生產經濟性的關鍵之一。另外，非糧原料生產的產物可能產生副產物，生產效率有所降低，下游分離純化成本提升。面對非糧生物質開發問題，目前學術界與產業界均在積極尋找解決方案。