1956年公私合營成立馬應龍藥廠，1966年更名為武漢第三制藥廠。1993年5月，以定向募集方式設立了馬應龍藥業股份有限公司。2004年馬應龍在上交所上市，控股股東為中國寶安，目前，馬應龍控股股東仍然為中國寶安，無實控人。近幾年，中國寶安的大股東方由富安控股更換為深圳國資，2024年底中國寶安公告董事局換屆預案，高管團隊也陸續完成更換。