公司實控人為北京市國資委下屬全資企業首農食品集團，背靠首農食品集團，在奶源等多方面獲得賦能，第二大股東為戰略投資者復星集團。三元股份實控人為北京市國資委，北京市國資委通過北京首農食品集團有限公司持有公司 46%的股份。第二大股東為復星集團，通過平閏投資和復星創泓分別持有公司 14.53%和 3.75%的股份。近年來，伴隨公司 公司深度 在戰略上從收入導向轉向利潤導向，公司進行一系列內部調整并得到大股東和二股東的充分支持賦能。