聚乙二醇干擾素治療慢乙肝降低約 90%的肝癌發生風險。在《中國慢性乙型肝炎防治指南（2019 年版）》中，新增了聚乙二醇干擾素 α 進一步降低肝硬化、肝癌的發生率的循證醫學證據：119 對單獨應用聚乙二醇干擾素 α 或恩替卡韋治療并隨訪 5 年的數據發現，應用聚乙二醇干擾素 α 治療的患者 5 年內均未發生肝癌；而恩替卡韋治療者在隨訪第 4、5 年時分別有 2 例、1 例肝癌，與模型預測發生率間無顯著差別。另一項包括 682 例應用核苷（酸）類藥物，430 例應用干擾素單獨或聯合核苷（酸）類藥物治療的回顧性研究提示，在中位隨訪 5.41 年間共 31 例發生肝癌，接受干擾素治療患者的 10 年累積肝癌發生率明顯低于核苷（酸）類藥物治療患者（2.7%vs8.0%）。研究表明，與核苷（酸）類藥物相比，聚乙二醇干擾素 α 在降低乙型肝炎病毒相關肝癌發生率方面的作用顯著。