供應鏈為跨境電商主要難點之一，成本及交付時間影響消費者決策。據 Avalara、Reuters調查顯示，有 50.4%的供應鏈專家認為跨境電商的供應鏈比較困難，4.9%的專家認為非常困難。42.6%、41.4%的專家認為海關延遲發貨、海關合規及 HS 編碼監管為主要挑戰，且由供應鏈、關稅、運輸及退貨帶來的額外成本問題同樣突出。從需求角度來看，消費者放棄跨境電商購物的主要原因是運輸費用太貴（50%）、交貨時間長（42%），均取決于供應端的供應鏈能力。