在于跨越分水嶺，分水嶺是流域之間分界的山脊或高地，開挖的運河需要垂直穿越分水嶺，具體而言其工程難點在于：1）越嶺段航運水資源的供給；2）越嶺段梯級船閘的建設。以平陸運河為例，平路運河起點西津水庫與海平面之間存在 65米的水位落差，需要修建馬道樞紐、企石樞紐、青年樞紐三個梯級航運樞紐，工程需要挖開山體，修建邊坡工程，通過船閘工程實現航道水位高低落差切換。