蛋白降解劑同時兼具傳統小分子抑制劑和大分子藥物的優勢。與小分子抑制劑相比，蛋白降解可以用來靶向不可成藥蛋白并破壞腳手架蛋白的功能，與抗體和抗體藥物偶聯物（ADC）相比，蛋白質降解劑具備可以開發口服制劑，靶向細胞內靶點的優勢，與小核酸藥物相比，蛋白質降解劑組織滲透性，與基因編輯藥物相比，蛋白降解劑沒有引發基因組改變的風險。