從技術角度來看，微生物蛋白主要分為生物質發酵、精密發酵兩種技術體系，前者依靠微生物繁殖速度快、蛋白質含量高的特點，高效生產大量菌體蛋白，后者將微生物設計為細胞工廠，應用基因編輯技術，生產具有特定功能的蛋白質成分，二者由于涉及到是否轉基因，因此審批流程不同，目前來看，在國內前者基本是作為新食品原料獲批，而后者獲批流程及難度都要更為復雜，通常作為食品添加劑取得認證。從底盤菌株角度來看，菌體蛋白包括酵母蛋白、微藻蛋白、絲狀真菌蛋白三類，其中，絲狀真菌蛋白相比酵母、微藻等蛋白，其味道更鮮美且富含纖維素，菌絲體具有類似肉質的組織結構，可用于生產肉類替代品，目前用于生產絲狀真菌蛋白的菌株有枯萎鐮刀菌、黃石鐮刀菌、米曲霉等。