東南沿海港口群以廈門港為主，服務于福建省和江西等內陸省份部分地區的經濟社會發展。該港口群整體發展較晚，相比于其他港口群，其體量相對較小，且由于處于長三角和珠三角之間，其貨源或遭分流。在經歷較高速發展后，近兩年東南沿海港口群吞吐量增長放緩，2019 到 2024 年貨物吞吐量CAGR為 4.58%，集裝箱吞吐量為 CAGR為 0.98%。