針對具備類似藥物的創新藥，日本新藥定價體系可分為類似藥物比較法 (I)和類似藥物比較法 (II)。比較法 (I)主要用于創新性較強的藥物，根據規則給予一定比例的創新溢價。具體方法為通過比較新藥的每日價格與現有同類藥物的每日價格進行定價，假設同類藥物單價為 50 日元 /粒，用藥頻率為每日 3粒；新藥用藥頻率為每日 2 粒，經過比價新藥的單價可確定為 75 日元 /粒。以該價格為基礎，根據新藥的創新性、有效性、適銷性、兒科用藥和首創性等維度進行溢價調整，得到新藥的最終定價。