生物柴油原料眾多，來源可分為植物油、動物油脂、廢棄或再循環油及微生物油脂，應滿足生產成本低和可大規模生產兩個要求，各國因地制宜選取合適的原料來源。全球范圍內，棕櫚油制成的棕櫚油甲酯 (PME) 占比 39%, 主要生產地為印尼和歐盟，豆油制成的豆油甲酯 (SME) 占比 25%，主要生產地為美國和南美，菜籽油制成的菜油甲酯 (RME) 占比 15%, 主要由歐盟生產。