CRS 被認為是 CAR-T 療法的“on target”副作用，是由于 T 細胞在被 CAR-T 激活后短期內大量釋放細胞因子所導致的，嚴重的CRS可能會引起一系列的全身癥狀，包括發熱、低血壓、多器官功能障礙等。大多數 CRS 和神經系統毒性反應發生在最初幾周內，級別通常為 1 級或 2 級，然而因為自免患者通常有主要器官功能受損的問題，因此 CRS 可能會增加器官衰竭的風險，在 CAR-T 細胞輸注后的最初 10-14 天內對患者進行仔細監控是必要的，包括記錄生命體征、測量炎癥標志物的水平以及神經學監控(例如使用包括書寫障礙評估在內的標準測試)等。此外，淋巴細胞耗竭被認為是 CAR-T 細胞治療成功的關鍵。清淋預處理通過消除調節性 T 細胞從而幫助 CAR-T 細胞在體內的擴增和存活，并降低 CAR-T 細胞對細胞因子的競爭。清淋一般通過化療或放療，可能會導致患者出現血細胞減少癥、神經毒性反應、惡心、嘔吐等不良反應，一旦發生不良反應須及時對癥處理，大多數血液學毒性在治療后幾個月得到改善。值得注意的是，異體 CAR-T 為了最大化降低免疫排異，清淋劑量一般會比自體更高。