1993 年 11 月中央出臺的《中共中央國務院關于當前農業和農村經濟發展的若干政策措施》中提出成立全國供銷合作總社，加強供銷合作社系統改革的指導，探索向綜合性農業服務組織發展的新路子。在 1994 年 4 月，中央和國務院決定由國家體改委、中央政策研究室、國務院研究室等 8 個單位組成供銷合作社改革專項調研組，就供銷合作社改革和成立全國供銷合作總社問題進行調查研究，最終在第二年 2 月下發了《中共中央、國務院關于深化供銷合作社改革的決定》，明確以把供銷合作社真正辦成農民的合作經濟組織為改革的根本目標，提出深化供銷合作社改革的總體思路，并要求組建恢復全國供銷合作總社，而后在當年 5 月份的中華全國供銷合作社第二次代表大會上通過了《中華全國供銷合作總社章程》。自此，供銷合作社結束了從 1958 年來三番兩次的分分合合，徹底解決了整體組織上的混亂，重新擁有了自下而上的完整系統，為供銷社走出困境、持續發展打下了堅實的基礎。